Да, если при расчете НДФЛ от продажи квартиры учитываются расходы на ее покупку, в состав таких расходов можно включить маткапитал.
Каждый член семьи учитывает в расходах часть маткапитала пропорционально своей доле в жилье.
Для имущественного вычета при покупке квартиры другая ситуация. В данном случае средства маткапитала в расходах не учитываются и вернуть НДФЛ с такой суммы нельзя.